Le pacte des Yokaï

Natsume découvre que le Carnet d’amis, dont il a hérité de sa grand-mère, contient le nom des yôkai qu'elle a vaincus de son vivant. Avec l'aide de maître Griffou, un yôkai à l’apparence d’un chat, il décide de rendre le nom aux esprits cités dans le Carnet.

Un dieu dont l’existence est sur le point de disparaître demande à Natsume de lui rendre son nom. Après avoir discuté avec ce dernier, Natsume découvre l’histoire qui la lie avec une certaine humaine.

Natsume entend parler de Tanuma, un garçon qui a l’air de ressentir la présence des esprits. Intrigué, il essaie d’obtenir plus d’informations à son sujet.

Sasada, la déléguée de la classe de Natsume, suspecte ce dernier de pouvoir entrer en contact avec les yôkai. Elle lui demande alors de l'aider à trouver un esprit qui vit dans le vieux bâtiment de leur école.

Natsume trouve un vieux ticket de train parmi les effets personnels de sa grand-mère. Il se rend alors à la gare qui est écrite sur le ticket et y rencontre un bien étrange yôkai.

Natsume se retrouve malencontreusement possédé par un yôkai. Afin de le chasser de son corps, il n’a d’autre choix que d'aider ce dernier à retrouver un humain qui l’a aidé par le passé.

En voyage scolaire, Natsume rencontre un renardeau qui s'attache rapidement à lui.

Natsume fait la rencontre d'un esprit qui semble très attaché à un humain. Autrefois, les deux étaient capables de se voir et de se parler, mais cela ne semble plus être le cas.

Natsume fait la connaissance d'un acteur populaire nommé Shûichi Natori. Ce dernier possède un autre métier dont Natsume ne soupçonne pas l’existence.

Possédé malgré lui par une joueuse de koto mourante, Natsume décide de l’aider à réaliser son souhait : jouer une dernière mélodie pour la personne qu’elle chérit.

Natsume se fâche avec maître Griffou, qui n’hésite pas à quitter sa chambre et à s’absenter pendant plusieurs jours. Ce dernier fait alors la connaissance d’une certaine fillette…

Natsume est maudit par un esprit maléfique attaché à un arbre. Il se tourne alors vers un yôkai du Carnet d’amis pour trouver un moyen de lever la malédiction.

Natsume profite de la fête d'automne et retrouve plusieurs de ses amis. De son côté, Tanuma fait une étrange découverte…