Après avoir perdu leur planète natale, les survivants du peuple des Cthulhu, une race extraterrestre, errent dans l'espace à la recherche d'une nouvelle terre d'accueil. Mais Big Gold, une entité ancestrale source de vie, prend possession du vaisseau et de son meneur, Sir Violet, puis dirige sa convoitise vers la Terre.
Au même moment, une puissante androïde profondément liée à l’existence de Big Gold fait son apparition sur la planète bleue : Iczer One.
Cette dernière y fait la rencontre de Nagisa, une jeune fille réfractaire à toute violence qui aura son rôle à jouer dans la protection de la planète. Cependant Nagisa n'est pas encore du tout prête lorsqu'arrive sur Terre l'un des commandants de Chtulhu, Cobalt, et son robot géant Délos Theta...
Que va-t-il arriver à la Terre ? Le robot Theta gagnera-t-il ? Qui est vraiment Iczer One ?
Dans l’acte 1, Nagisa et Iczer-One se rencontrent lors de l’attaque de Cthuwulf. Les extraterrestres envoient leurs vides biomécaniques et piègent Icezer-One et Nagisa dans le sous-espace dimensionnel. Plus tard, le commandant Cobalt lance une attaque contre la ville de Magisa en utilisant le mecha Dilos-Theta. Iczer-On doit convaincre Nagisa de la rejoindre et défier Cobalt avec leur mecha, Iczer-Robo !
Dans l’Acte 2, une forteresse Cthuwulf arrive sur Terre. Nagisa incarne une jeune fille pendant que Iczer-One enquête sur la forteresse extraterrestre. Iczer-One se retrouve piégé dans le sous-espace et Nagisa est contrainte de protéger la jeune fille des monstres parasites. Iczer-One s’échappe seulement pour faire face au défi d’un nouvel ennemi, sa "sœur" Iczer-Two !
Dans l’acte 3, Nagisa et Iczer-One se battent contre le mecha d’Iczer-Two, Iczer-Sigma. Plus tard, le chef du Cthuwulf, Big Gold, ordonne la capture de Nagisa et sa conversion en partenaire d’Iczer-Two. Iczer-Il faut essayer de sauver Nagisa et vaincre sa sœur et Big Gold dans une bataille finale pour la survie de l’humanité !
